1900年义和团运动爆发，西什库教堂成为拳民进攻的焦点，在当时的义和团营中曾经有顺口溜道：“吃面不搁酱，炮打交民巷;吃面不搁醋，炮打西什库”其中的交民巷指的是东交民巷使馆区，而所谓西什库指的便是西什库教堂，1900年6月-8月间北京的义和团团民曾经长时间围攻西什库教堂。
1900年6月15日傍晚，由端王载漪所率领的一队义和团开始进攻西什库教堂。时任“正权”主教的，是被公认为“中国通”的法籍传教士樊国梁，他因常年旅居中国传教、谙熟中国官场政治，而在外交界享有盛誉。当义和团在京城做大时，樊国梁也意识到了危险，为了保护西什库——这座主教座堂，以及躲藏其中的3000余名外国教士和中外教徒，他遣人前往位于东交民巷的法国公使馆，请求使馆卫队提供护卫。随即，法国和意大利这两个天主教国家的驻华公使馆共派遣了四十余名士兵护卫西什库教堂。战斗打响后，法意士兵很快与进攻的义和团展开激战，打退其冲锋。围困教堂的义和团曾经使用自制的穿屋火龙、炸弹、抬杠等火器向教堂发动进攻，守军则以快枪与之对战。6月17日起，清军也参加了进攻。义和团挖地道，埋地雷，4次爆炸，炸毁仁慈堂，炸死教民和儿童400多人。但是教堂依旧顽强坚守。由于缺少粮食，经过半个月的围困后，教堂内的人员将作役用骡马和战马全部吃光，并且开始食用院内的树皮和野草。驻守部队的指挥官和副指挥官陆续战死。尽管只有“41条枪”，但西什库教堂却始终未被攻陷。
